정부는 2025년 7월 31일, 2025년 세제개편안을 발표하며 벤처투자 활성화와 자본시장 과세 형평성 제고를 위한 세제 개편 방향을 제시했습니다. 이번 개편안에는 벤처기업 투자자에 대한 세액공제 확대, 양도소득세 대주주 기준 변경, 배당소득 분리과세 등의 내용이 포함되어 있어 투자자와 금융시장 참여자들의 주목을 받고 있습니다.

벤처투자 세제혜택 대폭 강화
🔹 벤처모펀드 출자 시 세액공제율 상향
2028년까지 한시적으로, 민간 벤처모펀드에 출자하는 경우 세액공제율이 기존 3%에서 5%로 상향됩니다.
또한 SPC(특수목적회사)를 통한 간접 투자 역시 직접 투자와 동일한 공제 혜택을 적용받게 되어 투자 방식의 유연성이 확대됩니다.
🔹 개인 투자자 소득공제 혜택 강화
개인이 벤처기업에 투자하는 경우, 최대 50%까지 소득공제 받을 수 있도록 개편됩니다.
뿐만 아니라, 투자한도는 기존 3억 원 → 5억 원으로 확대되어 고액 투자자에게도 세제 메리트가 제공됩니다.
🔹 양도소득세 비과세 및 과세이연 제도 도입
벤처투자회사 등을 통해 주식을 취득한 경우, 일정 요건을 충족하면 양도소득세 비과세 혜택이 주어집니다.
또한, 수익 실현 시점까지 과세 시기를 이연할 수 있어 자금 유동성 확보에 유리한 구조입니다.
배당소득에 대한 분리과세 도입
투자 촉진과 자본시장 활성화를 위해, 고배당기업의 배당소득에 대한 분리과세 제도가 신설됩니다.
일반 소득과 합산 과세되는 기존 구조에서 벗어나, 별도의 낮은 세율로 분리과세가 가능해져 세부담을 줄일 수 있는 기회가 됩니다.
또한, 투자·상생협력 촉진세제의 환류 대상에 '배당'이 포함되어 기업의 배당 확대 유도도 기대됩니다.
양도소득세 대주주 기준, 2년 만에 다시 강화
정부는 양도소득세 과세 형평성 확보를 위해, 상장주식 보유 대주주 요건을 강화하기로 결정했습니다.
🔹 변경 전후 비교
| 구분 | 기존 기준 | 변경 기준 (2025년 개편안) |
| 종목당 보유액 | 50억 원 이상 | 10억 원 이상 |
| 코스피 지분율 | 1% 이상 | 동일 |
| 코스닥 지분율 | 2% 이상 | 동일 |
| 코넥스 지분율 | 4% 이상 | 동일 |
🔹 투자자 영향
- 연말 대주주 기준일(12월 말) 전후로 대규모 매도세 쏠림 현상 재발 가능성
- 세금 회피를 위한 매도 전략 재조정 필요
- 주식 매매에 따른 절세 전략 재정비 필수
요약 및 투자자 참고사항
- 벤처투자자에게 유리한 세액공제 및 소득공제 제도 신설
- 배당소득 분리과세로 고배당주 투자 메리트 확대
- 대주주 기준 강화로 상장주식 보유 시 양도소득세 과세 대상 확대
- 투자자 입장에서 세금계획과 포트폴리오 조정이 필요한 시점
마무리
2025년 세제개편안은 벤처 생태계 지원과 공정 과세라는 두 가지 축을 중심으로 구성되어 있습니다.
정부는 고위험 벤처투자에 대한 세제 혜택을 확대하면서, 자본시장 내 불균형 과세를 조정하려는 움직임을 보이고 있습니다.
특히 벤처기업 투자자와 대주주에 해당하는 일반 투자자는 이번 개편안을 꼼꼼히 살펴보고, 절세 전략을 미리 세워야 할 시점입니다.
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