신기술사업투자조합(이하 ‘신기술조합’)이 상장주식 또는 비상장주식을 매도한 경우, 양도소득세와 별개로 증권거래세 납부의무가 발생합니다. 일반 법인과 마찬가지로, 조합도 반기 단위로 증권거래세를 자진신고하고 납부해야 합니다.
하지만 많은 조합의 경우 공동대표 체제 또는 공동인증서 미보유로 인해 홈택스 전자신고가 어렵고, 이 경우 관할 세무서를 직접 방문해 서면으로 신고·납부해야 합니다.
이번 포스팅에서는 조합 계좌를 통한 주식 매도 시, 세무서 방문을 통한 증권거래세 신고 절차를 정리해보겠습니다.
1. 신고 대상 및 기한
신기술조합 명의 계좌에서 다음과 같은 거래가 발생한 경우 증권거래세를 신고해야 합니다.
- 상장주식을 장외에서 매도한 경우
- 비상장주식을 매도한 경우
신고는 반기별로 진행되며, 다음과 같은 신고기한이 적용됩니다.
- 1기분 (1~6월 매도분): 8월 31일까지 신고
- 2기분 (7~12월 매도분): 익년 2월 말일까지 신고
2. 세율
주식의 양도에 따른 증권거래세는 주식의 양도가액에 다음의 세율을 곱하여 계산합니다(증권거래세법 제7조제1항제1호, 제8조제2항 및 「증권거래세법 시행령 제5조).

3. 세무서 방문 신고 시 제출 서류
전자신고가 어려운 경우, 다음 서류를 준비해 조합의 관할 세무서에 방문합니다.
- 증권거래세 과세표준 신고서 및 주권 또는 지분의 양도거래명세서 (서식)
- 증권거래내역서(계약서 등)
- 납세의무자 사항(사업자등록증, 고유번호증 등)
- 거래자 사항(사업자등록증, 고유번호증 등)
4. 신고 후 납부
신고서 제출 후, 세무서에서 납부서를 발부해줍니다. 가까운 은행 창구에서 납부하거나 계좌이체를 통해 납부할 수 있습니다.
5. 신기술투자조합 증권거래세 면제
1. 상장주식 매도시
신기술사업금융업등록증, 출자확인서(조세특례제한법상 증권거래세 면제 관련 근거 조항 포함) 날인본 등 증권사에서 요구하는 서류 제출
2. 장외 매도시
증권거래세 신고시, 증권거래세 과세표준신고서와 함게 증권거래세 세액면제신청서(별지 제70호 서식) 함께 제출
3. 조세특례제한법 제117조(증권거래세의 면제)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 증권거래세를 면제한다
1. 벤처투자회사, 창업기획자 또는 벤처투자조합이 창업기업 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우
2. 신기술사업금융업자 또는 신기술사업투자조합이 신기술사업자에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우
2의2. 농식품투자조합이 창업기업 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우
2의3. 삭제 <2020. 2. 11.>
2의4. 벤처투자회사, 신기술사업금융업자, 창업기획자 또는 제1호·제2호·제2호의 2·제2호의 3에 따른 투자조합이 코넥스상장기업(상장 후 2년 이내의 중소기업에 한정한다)에 직접출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우
4. 창업·벤처전문사모집합투자기구가 창업기업, 벤처기업 또는 코넥스상장기업(상장 후 2년 이내의 중소기업에 한정한다)에 직접 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제249조의23제3항에 따른 투자목적회사를 통하여 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우
이하 생략
마무리
신기술조합은 전자신고가 어려운 경우가 많기 때문에 정기적인 거래내역 확인과 서류 준비가 중요합니다.
특히 증권거래세는 과세표준이 ‘거래금액 전체’이기 때문에, 누락 없이 정확한 매도금액을 기준으로 신고해야 가산세 등의 불이익을 방지할 수 있습니다.
조합 운영 중 증권 거래가 발생했다면, 반기별로 반드시 증권거래세 신고를 잊지 마세요.
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