1편. 신기술투자조합 연말정산 소득공제 완전정리

연말이 다가오면 “벤처조합에 출자하면 소득공제 받을 수 있다더라”는 이야기가 자주 들립니다.
실제로 신기술사업투자조합, 벤처투자조합, 개인투자조합 등에 출자하면 「조세특례제한법 제16조」에 따라 최대 100%까지 소득공제를 받을 수 있습니다.

그렇다면 이 공제를 받기 위한 조건은 무엇일까요?

1. 소득공제의 법적 근거

조세특례제한법 제16조는 벤처기업 육성을 위한 세제혜택입니다.
벤처투자조합이나 신기술투자조합 등에 개인이 출자한 금액에 대해 다음과 같이 공제율을 적용합니다.

[출자금액별 공제율]

• 3천만 원 이하 →100%
• 3천만 원 초과 ~ 5천만 원 이하 → 70%
• 5천만 원 초과분 → 30%

즉, 3천만 원을 출자하면 전액을 소득금액에서 공제받을 수 있습니다.
하지만 단순히 출자만 했다고 끝이 아닙니다. **‘투자유지요건’**을 충족해야 실제 절세효과가 유지됩니다.

2. 핵심 요건: 투자유지기간

출자일(또는 투자일) 기준으로 2년 이상(2021년 이후 결성 조합은 3년 이상) 투자금이 유지되어야 합니다.
이 기간 내에 조합이 출자금을 분배받으면, 이미 공제받은 금액을 국세청이 추징합니다.

예를 들어,

2024년 12월 출자→ 2025년 3월 원금 분배
👉 3년 유지요건 미달
👉 공제받았던 세액 중 원금 부분에 대해 추징


즉, 연말정산에서 공제를 받았더라도 유지기간 미달 시 결국 돌려줘야 하는 구조입니다.

3. 공제에 필요한 서류

연말정산 시에는 출자확인서가 필수입니다.
이 서류는 조합운용사에서 12월 31일 기준으로 발급합니다.
다만, 세무서에서는 실제 납입내역과 투자유지현황도 추후 확인하기 때문에, 단순히 서류만 제출한다고 끝나지 않습니다.

4. 정리

출자확인서만으로는 공제 가능하지만 2~3년 유지해야 최종 인정
조합이 원금 분배되면 공제 추징
조세특례제한법 시행령 제14조에서 그 예외(사망, 천재지변, 조합해산 등) 규정

조세특례제한법 제16조 (벤처투자조합 등에 출자한 경우의 소득공제)

① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 “벤처투자조합등”이라 한다)에 출자하거나, 해당 조합을 운용하는 회사 또는 법인에 출자하는 경우에는
그 출자금액(해당 과세연도의 출자금액에 한정한다)의 일정 금액을 종합소득금액에서 공제한다.

단, 출자금액의 합계액은 1억원을 한도로 하며, 구체적인 공제율은 대통령령으로 정한다.

1. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제52조 제1항에 따라 설립된 벤처투자조합
2. 「중소기업창업지원법」 제37조 제1항에 따라 설립된 중소기업창업투자조합
3. 「신기술사업금융업법」 제37조 제1항에 따라 설립된 신기술사업투자조합
4. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제54조 제1항에 따라 등록한 개인투자조합
5. 위 각 호의 조합을 운용하는 회사(창투사·신기사 등)에의 직접 출자

② (추징 규정)
제1항에 따라 소득공제를 받은 자가 출자한 날(또는 투자한 날)부터 3년이 경과하기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면, 공제받은 세액을 추징한다.
다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출자금 또는 투자금의 전부 또는 일부를 환급받은 경우
2. 출자지분 또는 투자지분의 전부 또는 일부를 양도한 경우
3. 조합이 해산하는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우

③ (공제신청 방법)
제1항에 따른 소득공제를 받으려는 자는 벤처투자조합등의 운용기관이 발급한 출자확인서를 첨부하여
소득세 과세표준 신고 시 또는 연말정산 시 국세청에 제출하여야 한다.

④ (기타사항)
제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 세부사항은 대통령령으로 정한다.



다음에는 예외에 대해서 알아보겠습니다.